XSB1747 : actin 3 [Physcomitrella patens]
[ CaMP Format ]
This entry is computationally expanded from SB0071
* Basic Information
| Organism | Physcomitrella patens |
| Protein Names | actin 3 |
| Gene Names | Act3 |
| Gene Locus | Not available |
| GO Function | Not available |
* Information From OMIM
Not Available.
* Structure Information
1. Primary Information
Length: 378 aa
Average Mass: 41.626 kDa
Monoisotopic Mass: 41.599 kDa
2. Domain Information
Annotated Domains: interpro / pfam / smart / prosite
Computationally Assigned Domains (Pfam+HMMER):
| domain name | begin | end | score | e-value |
|---|---|---|---|---|
| Actin 1. | 5 | 378 | 818.3 | 4.8e-243 |
| --- cleavage 40 (inside Actin 5..378) --- | ||||
3. Sequence Information
Fasta Sequence: XSB1747.fasta
Amino Acid Sequence and Secondary Structures (PsiPred):
4. 3D Information
Not Available.
* Cleavage Information
1 [sites]
Cleavage sites (±10aa)
[Site 1] RAVFPSIVGR40-PRHTGVMVGM
Arg40 
Pro
 |
|||||||||
| P10 | P9 | P8 | P7 | P6 | P5 | P4 | P3 | P2 | P1 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Arg31 | Ala32 | Val33 | Phe34 | Pro35 | Ser36 | Ile37 | Val38 | Gly39 | Arg40 |
 |
|||||||||
| P1' | P2' | P3' | P4' | P5' | P6' | P7' | P8' | P9' | P10' |
| Pro41 | Arg42 | His43 | Thr44 | Gly45 | Val46 | Met47 | Val48 | Gly49 | Met50 |
Sequence conservation (by blast)
Sequence conservation (by blast)
| Reference peptide (cleaved bond±30 residues) |
|---|
| LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL |
Summary
| # | organism | max score | hits | top seq |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Physcomitrella patens | 124.00 | 4 | actin 7 |
| 2 | Anemia phyllitidis | 124.00 | 3 | actin 3 |
| 3 | Selaginella apoda | 124.00 | 2 | AF090969_1 actin |
| 4 | N/A | 123.00 | 21 | A |
| 5 | Gossypium hirsutum | 123.00 | 16 | actin |
| 6 | Oryza sativa (japonica cultivar-group) | 123.00 | 13 | Os03g0836000 |
| 7 | Oryza sativa (indica cultivar-group) | 123.00 | 9 | unnamed protein product |
| 8 | Arabidopsis thaliana | 123.00 | 8 | actin 4 |
| 9 | Vitis vinifera | 123.00 | 5 | hypothetical protein |
| 10 | Solanum tuberosum | 123.00 | 4 | ACT13_SOLTU Actin-101 emb |
| 11 | Pisum sativum | 123.00 | 3 | ACT3_PEA Actin-3 emb |
| 12 | Striga asiatica | 123.00 | 2 | actin |
| 13 | Torenia fournieri | 123.00 | 2 | actin 2 |
| 14 | Phalaenopsis sp. 'True Lady' | 123.00 | 2 | AF246714_1 actin-like protein |
| 15 | Nicotiana tabacum | 123.00 | 2 | actin |
| 16 | Musa acuminata | 123.00 | 2 | actin 2 |
| 17 | Trifolium pratense | 123.00 | 1 | actin |
| 18 | Picea rubens | 123.00 | 1 | AF172094_1 actin |
| 19 | Elaeis oleifera | 123.00 | 1 | actin |
| 20 | Chlamydomonas reinhardtii | 123.00 | 1 | ACT_CHLRE Actin dbj |
| 21 | Brassica napus | 123.00 | 1 | actin |
| 22 | Stevia rebaudiana | 123.00 | 1 | actin |
| 23 | Populus trichocarpa | 123.00 | 1 | actin |
| 24 | Musa x paradisiaca | 123.00 | 1 | AF285176_1 actin |
| 25 | Vigna radiata | 123.00 | 1 | AF143208_1 actin |
| 26 | Malva pusilla | 123.00 | 1 | AF112538_1 actin |
| 27 | Elaeis guineensis | 123.00 | 1 | actine |
| 28 | Mimosa pudica | 123.00 | 1 | actin isoform B |
| 29 | Saccharum officinarum | 123.00 | 1 | actin |
| 30 | Hordeum vulgare | 123.00 | 1 | actin |
| 31 | Helianthus annuus | 123.00 | 1 | actin |
| 32 | Plantago major | 123.00 | 1 | actin 1 |
| 33 | Medicago truncatula | 123.00 | 1 | Actin/actin-like |
| 34 | Sorghum bicolor | 123.00 | 1 | ACT1_SORBI Actin-1 emb |
| 35 | Triticum monococcum | 123.00 | 1 | AF326781_1 actin |
| 36 | Vicia faba | 123.00 | 1 | actin |
| 37 | Ricinus communis | 123.00 | 1 | actin |
| 38 | Phaseolus acutifolius | 123.00 | 1 | actin |
| 39 | Capsicum annuum | 123.00 | 1 | actin |
| 40 | Setaria italica | 123.00 | 1 | AF288226_1 actin |
| 41 | Phalaenopsis hybrid cultivar | 123.00 | 1 | actin |
| 42 | Eucommia ulmoides | 123.00 | 1 | stem cambial region actin protein |
| 43 | Brassica napus var. napus | 123.00 | 1 | actin |
| 44 | Aegiceras corniculatum | 123.00 | 1 | actin |
| 45 | Capsicum chinense | 123.00 | 1 | actin |
| 46 | Scherffelia dubia | 122.00 | 1 | ACT_SCHDU Actin gb |
| 47 | Linum usitatissimum | 122.00 | 1 | actin |
| 48 | Coleochaete scutata | 122.00 | 1 | ACT_COLSC Actin gb |
| 49 | Avena nuda | 122.00 | 1 | AF234528_2 actin 1 |
| 50 | Glycine max | 121.00 | 2 | CAA23728.1 |
| 51 | Scyliorhinus retifer | 121.00 | 1 | AF388172_1 fast muscle actin |
| 52 | Mesostigma viride | 121.00 | 1 | ACT_MESVI Actin gb |
| 53 | Branchiostoma belcheri | 121.00 | 1 | ACTM_BRABE Actin, muscle (BbMA1) dbj |
| 54 | Branchiostoma floridae | 121.00 | 1 | ACTM_BRAFL Actin, muscle dbj |
| 55 | Branchiostoma lanceolatum | 121.00 | 1 | ACTM_BRALA Actin, muscle emb |
| 56 | Danio rerio | 120.00 | 12 | novel protein similar to vertebrate skeletal alpha |
| 57 | Homo sapiens | 120.00 | 10 | cardiac muscle alpha actin 1 proprotein |
| 58 | Mus musculus | 120.00 | 8 | unnamed protein product |
| 59 | Xenopus laevis | 120.00 | 8 | hypothetical protein LOC780761 |
| 60 | Oreochromis niloticus | 120.00 | 7 | alpha actin |
| 61 | Bos taurus | 120.00 | 5 | actin, alpha 1, skeletal muscle |
| 62 | Xenopus tropicalis | 120.00 | 4 | actin, alpha 1, skeletal muscle |
| 63 | synthetic construct | 120.00 | 4 | actin alpha 1 |
| 64 | Cyprinus carpio | 120.00 | 4 | skeletal muscle alpha-actin |
| 65 | Tetraodon nigroviridis | 120.00 | 3 | unnamed protein product |
| 66 | Canis familiaris | 120.00 | 2 | PREDICTED: similar to Actin, alpha skeletal muscle |
| 67 | Macaca mulatta | 120.00 | 2 | PREDICTED: similar to Actin, alpha cardiac (Alpha- |
| 68 | Molgula oculata | 120.00 | 2 | ACT2_MOLOC Actin, muscle-type (A2) dbj |
| 69 | Halocynthia roretzi | 120.00 | 2 | muscle actin |
| 70 | Rana catesbeiana | 120.00 | 2 | cardiac alpha actin 2 |
| 71 | Ictalurus punctatus | 120.00 | 2 | alpha actin |
| 72 | Atractaspis microlepidota microlepidota | 120.00 | 1 | ACTS_ATRMM Actin, alpha skeletal muscle (Alpha-act |
| 73 | Nannochloris bacillaris | 120.00 | 1 | actin |
| 74 | Sparus aurata | 120.00 | 1 | skeletal alpha-actin |
| 75 | Gadus morhua | 120.00 | 1 | AF500273_1 fast skeletal muscle alpha-actin |
| 76 | Oxyuranus scutellatus scutellatus | 120.00 | 1 | alpha actin |
| 77 | Salmo salar | 120.00 | 1 | AF304406_1 fast myotomal muscle actin |
| 78 | Oryzias latipes | 120.00 | 1 | ACTS_ORYLA Actin, alpha skeletal muscle (Alpha-act |
| 79 | Ambystoma mexicanum | 120.00 | 1 | AF276076_1 cardiac actin |
| 80 | Sphyraena idiastes | 120.00 | 1 | alpha actin |
| 81 | Oreochromis mossambicus | 120.00 | 1 | ACTSA_FUGRU Actin, alpha skeletal muscle A (Alpha- |
| 82 | Salmo trutta | 120.00 | 1 | AF267496_1 alpha actin |
| 83 | Carassius auratus | 120.00 | 1 | ACTS_CARAU Actin, alpha skeletal muscle (Alpha-act |
| 84 | Litopenaeus vannamei | 119.00 | 1 | actin T2 |
| 85 | Gillichthys mirabilis | 119.00 | 1 | AF266233_1 skeletal alpha-actin |
| 86 | Notothenia coriiceps | 119.00 | 1 | alpha actin |
| 87 | Ostreococcus lucimarinus CCE9901 | 119.00 | 1 | predicted protein |
| 88 | Ciona savignyi | 119.00 | 1 | ACTM_CIOSA Actin, muscle dbj |
| 89 | Haliotis iris | 119.00 | 1 | actin A1 |
| 90 | Haliotis rufescens | 119.00 | 1 | actin |
| 91 | Gallus gallus | 118.00 | 4 | PREDICTED: similar to Actin, alpha 2, smooth muscl |
| 92 | Homarus americanus | 118.00 | 1 | AF399872_1 alpha actin |
| 93 | Lethenteron japonicum | 118.00 | 1 | muscle actin |
| 94 | Penaeus monodon | 118.00 | 1 | actin 1 |
| 95 | Bubalus bubalis | 118.00 | 1 | alpha 2 actin |
| 96 | Portunus pelagicus | 118.00 | 1 | actin |
| 97 | Isatis tinctoria | 118.00 | 1 | actin |
| 98 | Coryphaenoides yaquinae | 118.00 | 1 | skeletal alpha-actin type-2b |
| 99 | Monodelphis domestica | 118.00 | 1 | PREDICTED: hypothetical protein |
| 100 | Styela clava | 118.00 | 1 | ACTM_STYCL Actin, muscle emb |
| 101 | Coryphaenoides armatus | 118.00 | 1 | skeletal alpha-actin type-2b |
| 102 | Pan troglodytes | 118.00 | 1 | PREDICTED: similar to actin alpha 1 skeletal muscl |
Top-ranked sequences
| organism | matching |
|---|---|
| Physcomitrella patens | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||||||||||||||||||||||||#|||||||||||||||||||||||||||||| Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 |
| Anemia phyllitidis | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||||||||||||||||||||||||#|||||||||||||||||||||||||||||| Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 |
| Selaginella apoda | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||||||||||||||||||||||||#|||||||||||||||||||||||||||||| Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 |
| N/A | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||||||||||||||||||||||||#||||||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
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| Capsicum annuum | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||+|||||||||||||||||||||||#|||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 9 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 68 |
| Setaria italica | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||+|||||||||||||||||||||||#|||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Phalaenopsis hybrid cultivar | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||+|||||||||||||||||||||||#|||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Eucommia ulmoides | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||+|||||||||||||||||||||||#|||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Brassica napus var. napus | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||+|||||||||||||||||||||||#|||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Aegiceras corniculatum | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||+|||||||||||||||||||||||#|||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Capsicum chinense | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||+|||||||||||||||||||||||#|||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Scherffelia dubia | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||||||||||||||||||||||||#||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 |
| Linum usitatissimum | Query 12 VCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 |||||+|||||||||||||||||||||||#|||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 9 VCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 67 |
| Coleochaete scutata | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||||||||||||||||||||||||#||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Avena nuda | Query 12 VCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 |||||+|||||||||||||||||||||||#|||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 11 VCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Glycine max | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||+|||||||||||||||||||||||#|||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDXYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Scyliorhinus retifer | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Mesostigma viride | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 |+||||||||||||||||||||||||||||#||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 10 LMCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Branchiostoma belcheri | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 12 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 71 |
| Branchiostoma floridae | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 11 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 |
| Branchiostoma lanceolatum | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 13 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 72 |
| Danio rerio | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Homo sapiens | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Mus musculus | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Xenopus laevis | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Oreochromis niloticus | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 5 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 64 |
| Bos taurus | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Xenopus tropicalis | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| synthetic construct | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Cyprinus carpio | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Tetraodon nigroviridis | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Canis familiaris | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Macaca mulatta | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Molgula oculata | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 11 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 70 |
| Halocynthia roretzi | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 11 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 70 |
| Rana catesbeiana | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Ictalurus punctatus | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Atractaspis microlepidota microlepidota | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Nannochloris bacillaris | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 +|||||||||||||||||||||||||||||#||| ||||||||||||||||||||||||+| Sbjct 11 IVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILSL 70 |
| Sparus aurata | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Gadus morhua | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Oxyuranus scutellatus scutellatus | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Salmo salar | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Oryzias latipes | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Ambystoma mexicanum | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Sphyraena idiastes | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Oreochromis mossambicus | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Salmo trutta | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Carassius auratus | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Litopenaeus vannamei | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||||||||||||||||||||||||# || |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#ARHQGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Gillichthys mirabilis | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 6 LVCDNGSGLVKAGFAGDBAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 65 |
| Notothenia coriiceps | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| |||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDTYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Ostreococcus lucimarinus CCE9901 | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||||||||||||||+|||||||||#||| |||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPKAVFPSIVGR#PRHHGVMVGMGQKDCYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Ciona savignyi | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+||+||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 11 LVCDNGSGLVKSGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 70 |
| Haliotis iris | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||| ||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 8 LVCDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 67 |
| Haliotis rufescens | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||| ||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 8 LVCDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 67 |
| Gallus gallus | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+ ||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Homarus americanus | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 || |||||||||||||||||||||||||||#||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 10 LVVDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Lethenteron japonicum | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+ ||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Penaeus monodon | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 || |||||||||||||||||||||||||||#||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 9 LVVDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 68 |
| Bubalus bubalis | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+ ||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Portunus pelagicus | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 || |||||||||||||||||||||||||||#||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 9 LVVDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 68 |
| Isatis tinctoria | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||+|||||||||||||||||||||||#|||||| | ||||||||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVTVWMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Coryphaenoides yaquinae | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILT 69 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+|||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILT 68 |
| Monodelphis domestica | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+ ||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 9 LVCDNGSGLCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 68 |
| Styela clava | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 +|||||||+||+||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 11 IVCDNGSGLVKSGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 70 |
| Coryphaenoides armatus | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+| ||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYAGDEAQSKRGILTL 69 |
| Pan troglodytes | Query 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 ||||||||+ ||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
* References
[PubMed ID: 16059684] Weise A, Rodriguez-Franco M, Timm B, Hermann M, Link S, Jost W, Gorr G, Use of Physcomitrella patens actin 5' regions for high transgene expression: importance of 5' introns. Appl Microbiol Biotechnol. 2006 Apr;70(3):337-45. Epub 2005 Jul 30.