XSB2776 : unknown [Populus trichocarpa]
[ CaMP Format ]
This entry is computationally expanded from SB0071
* Basic Information
| Organism | Populus trichocarpa (Populus balsamifera subsp. trichocarpa) |
| Protein Names | Putative uncharacterized protein; unknown |
| Gene Names | Not available |
| Gene Locus | Not available |
| GO Function | Not available |
| Entrez Protein | Entrez Nucleotide | Entrez Gene | UniProt | OMIM | HGNC | HPRD | KEGG |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ABK92589 | N/A | N/A | A9P886_POPTR | N/A | N/A | N/A | N/A |
* Information From OMIM
Not Available.
* Structure Information
1. Primary Information
Length: 377 aa
Average Mass: 41.673 kDa
Monoisotopic Mass: 41.646 kDa
2. Domain Information
Annotated Domains: interpro / pfam / smart / prosite
Computationally Assigned Domains (Pfam+HMMER):
| domain name | begin | end | score | e-value |
|---|---|---|---|---|
| Actin 1. | 4 | 377 | 817.4 | 9.2e-243 |
| --- cleavage 39 (inside Actin 4..377) --- | ||||
3. Sequence Information
Fasta Sequence: XSB2776.fasta
Amino Acid Sequence and Secondary Structures (PsiPred):
4. 3D Information
Not Available.
* Cleavage Information
1 [sites]
Cleavage sites (±10aa)
[Site 1] RAVFPSIVGR39-PRHTGVMVGM
Arg39 
Pro
 |
|||||||||
| P10 | P9 | P8 | P7 | P6 | P5 | P4 | P3 | P2 | P1 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Arg30 | Ala31 | Val32 | Phe33 | Pro34 | Ser35 | Ile36 | Val37 | Gly38 | Arg39 |
 |
|||||||||
| P1' | P2' | P3' | P4' | P5' | P6' | P7' | P8' | P9' | P10' |
| Pro40 | Arg41 | His42 | Thr43 | Gly44 | Val45 | Met46 | Val47 | Gly48 | Met49 |
Sequence conservation (by blast)
Sequence conservation (by blast)
| Reference peptide (cleaved bond±30 residues) |
|---|
| LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL |
Summary
| # | organism | max score | hits | top seq |
|---|---|---|---|---|
| 1 | N/A | 125.00 | 19 | - |
| 2 | Gossypium hirsutum | 125.00 | 16 | actin |
| 3 | Oryza sativa (japonica cultivar-group) | 125.00 | 13 | Os11g0163100 |
| 4 | Arabidopsis thaliana | 125.00 | 12 | ACT11 (ACTIN-11); structural constituent of cytosk |
| 5 | Oryza sativa (indica cultivar-group) | 125.00 | 9 | unnamed protein product |
| 6 | Solanum tuberosum | 125.00 | 6 | ACT13_SOLTU Actin-101 emb |
| 7 | Vitis vinifera | 125.00 | 5 | hypothetical protein |
| 8 | Pisum sativum | 125.00 | 5 | ACT3_PEA Actin-3 emb |
| 9 | Physcomitrella patens | 125.00 | 4 | actin 1 |
| 10 | Musa acuminata | 125.00 | 2 | actin 2 |
| 11 | Phalaenopsis sp. 'True Lady' | 125.00 | 2 | AF246715_1 actin-like protein |
| 12 | Striga asiatica | 125.00 | 2 | actin |
| 13 | Torenia fournieri | 125.00 | 2 | actin 2 |
| 14 | Nicotiana tabacum | 125.00 | 2 | ACT1_TOBAC Actin emb |
| 15 | Brassica napus | 125.00 | 1 | actin |
| 16 | Stevia rebaudiana | 125.00 | 1 | actin |
| 17 | Picea rubens | 125.00 | 1 | AF172094_1 actin |
| 18 | Populus trichocarpa | 125.00 | 1 | actin |
| 19 | Malva pusilla | 125.00 | 1 | AF112538_1 actin |
| 20 | Elaeis oleifera | 125.00 | 1 | actin |
| 21 | Hordeum vulgare | 125.00 | 1 | actin |
| 22 | Medicago truncatula | 125.00 | 1 | Actin/actin-like |
| 23 | Trifolium pratense | 125.00 | 1 | actin |
| 24 | Ricinus communis | 125.00 | 1 | actin |
| 25 | Vigna radiata | 125.00 | 1 | AF143208_1 actin |
| 26 | Capsicum chinense | 125.00 | 1 | actin |
| 27 | Elaeis guineensis | 125.00 | 1 | actine |
| 28 | Musa x paradisiaca | 125.00 | 1 | AF285176_1 actin |
| 29 | Eucommia ulmoides | 125.00 | 1 | stem cambial region actin protein |
| 30 | Mimosa pudica | 125.00 | 1 | actin isoform B |
| 31 | Helianthus annuus | 125.00 | 1 | actin |
| 32 | Plantago major | 125.00 | 1 | actin 1 |
| 33 | Saccharum officinarum | 125.00 | 1 | actin |
| 34 | Triticum monococcum | 125.00 | 1 | AF326781_1 actin |
| 35 | Aegiceras corniculatum | 125.00 | 1 | actin |
| 36 | Sorghum bicolor | 125.00 | 1 | ACT1_SORBI Actin-1 emb |
| 37 | Phaseolus acutifolius | 125.00 | 1 | actin |
| 38 | Capsicum annuum | 125.00 | 1 | actin |
| 39 | Vicia faba | 125.00 | 1 | actin |
| 40 | Setaria italica | 125.00 | 1 | AF288226_1 actin |
| 41 | Phalaenopsis hybrid cultivar | 125.00 | 1 | actin |
| 42 | Brassica napus var. napus | 125.00 | 1 | actin |
| 43 | Anemia phyllitidis | 123.00 | 3 | actin 2 |
| 44 | Selaginella apoda | 123.00 | 2 | AF090969_1 actin |
| 45 | Glycine max | 123.00 | 2 | CAA23728.1 |
| 46 | Avena nuda | 123.00 | 1 | AF234528_2 actin 1 |
| 47 | Linum usitatissimum | 123.00 | 1 | actin |
| 48 | Chlamydomonas reinhardtii | 122.00 | 1 | ACT_CHLRE Actin dbj |
| 49 | Coleochaete scutata | 121.00 | 1 | ACT_COLSC Actin gb |
| 50 | Scherffelia dubia | 121.00 | 1 | ACT_SCHDU Actin gb |
| 51 | Branchiostoma belcheri | 120.00 | 1 | ACTM_BRABE Actin, muscle (BbMA1) dbj |
| 52 | Branchiostoma floridae | 120.00 | 1 | ACTM_BRAFL Actin, muscle dbj |
| 53 | Scyliorhinus retifer | 120.00 | 1 | AF388172_1 fast muscle actin |
| 54 | Mesostigma viride | 120.00 | 1 | ACT_MESVI Actin gb |
| 55 | Branchiostoma lanceolatum | 120.00 | 1 | ACTM_BRALA Actin, muscle emb |
| 56 | Danio rerio | 119.00 | 12 | actin, alpha, cardiac muscle like |
| 57 | Xenopus laevis | 119.00 | 8 | similar to actin alpha |
| 58 | Homo sapiens | 119.00 | 8 | alpha 1 actin precursor |
| 59 | Mus musculus | 119.00 | 7 | unnamed protein product |
| 60 | Oreochromis niloticus | 119.00 | 7 | alpha actin |
| 61 | Bos taurus | 119.00 | 5 | actin, alpha 1, skeletal muscle |
| 62 | Xenopus tropicalis | 119.00 | 4 | hypothetical protein LOC394673 |
| 63 | Cyprinus carpio | 119.00 | 4 | skeletal muscle alpha-actin |
| 64 | synthetic construct | 119.00 | 4 | actin alpha 1 |
| 65 | Tetraodon nigroviridis | 119.00 | 3 | unnamed protein product |
| 66 | Rana catesbeiana | 119.00 | 2 | cardiac alpha actin 2 |
| 67 | Canis familiaris | 119.00 | 2 | PREDICTED: similar to Actin, alpha skeletal muscle |
| 68 | Molgula oculata | 119.00 | 2 | ACT2_MOLOC Actin, muscle-type (A2) dbj |
| 69 | Ictalurus punctatus | 119.00 | 2 | alpha actin |
| 70 | Macaca mulatta | 119.00 | 2 | PREDICTED: similar to Actin, alpha cardiac (Alpha- |
| 71 | Atractaspis microlepidota microlepidota | 119.00 | 1 | ACTS_ATRMM Actin, alpha skeletal muscle (Alpha-act |
| 72 | Nannochloris bacillaris | 119.00 | 1 | actin |
| 73 | Salmo trutta | 119.00 | 1 | AF267496_1 alpha actin |
| 74 | Gadus morhua | 119.00 | 1 | AF500273_1 fast skeletal muscle alpha-actin |
| 75 | Salmo salar | 119.00 | 1 | AF304406_1 fast myotomal muscle actin |
| 76 | Oxyuranus scutellatus scutellatus | 119.00 | 1 | alpha actin |
| 77 | Isatis tinctoria | 119.00 | 1 | actin |
| 78 | Halocynthia roretzi | 119.00 | 1 | muscle actin |
| 79 | Sphyraena idiastes | 119.00 | 1 | alpha actin |
| 80 | Oreochromis mossambicus | 119.00 | 1 | ACTSA_FUGRU Actin, alpha skeletal muscle A (Alpha- |
| 81 | Carassius auratus | 119.00 | 1 | ACTS_CARAU Actin, alpha skeletal muscle (Alpha-act |
| 82 | Sparus aurata | 119.00 | 1 | skeletal alpha-actin |
| 83 | Oryzias latipes | 119.00 | 1 | ACTS_ORYLA Actin, alpha skeletal muscle (Alpha-act |
| 84 | Ambystoma mexicanum | 119.00 | 1 | AF276076_1 cardiac actin |
| 85 | Litopenaeus vannamei | 118.00 | 1 | actin T2 |
| 86 | Haliotis iris | 118.00 | 1 | actin A1 |
| 87 | Gillichthys mirabilis | 118.00 | 1 | AF266233_1 skeletal alpha-actin |
| 88 | Notothenia coriiceps | 118.00 | 1 | alpha actin |
| 89 | Haliotis rufescens | 118.00 | 1 | actin |
| 90 | Morus alba | 118.00 | 1 | actin |
| 91 | Ostreococcus lucimarinus CCE9901 | 118.00 | 1 | predicted protein |
| 92 | Gallus gallus | 117.00 | 3 | PREDICTED: similar to Actin, alpha 2, smooth muscl |
| 93 | Penaeus monodon | 117.00 | 1 | actin 1 |
| 94 | Bubalus bubalis | 117.00 | 1 | alpha 2 actin |
| 95 | Portunus pelagicus | 117.00 | 1 | actin |
| 96 | Coryphaenoides yaquinae | 117.00 | 1 | skeletal alpha-actin type-2b |
| 97 | Coryphaenoides armatus | 117.00 | 1 | skeletal alpha-actin type-2b |
| 98 | Monodelphis domestica | 117.00 | 1 | PREDICTED: hypothetical protein |
| 99 | Homarus americanus | 117.00 | 1 | AF399872_1 alpha actin |
| 100 | Ciona savignyi | 117.00 | 1 | ACTM_CIOSA Actin, muscle dbj |
| 101 | Pan troglodytes | 117.00 | 1 | PREDICTED: similar to actin alpha 1 skeletal muscl |
Top-ranked sequences
| organism | matching |
|---|---|
| N/A | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||||||||||||||||||||||||||#|||||||||||||||||||||||||||||| Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
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| Oryza sativa (japonica cultivar-group) | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||||||||||||||||||||||||||#|||||||||||||||||||||||||||||| Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
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| Oryza sativa (indica cultivar-group) | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||||||||||||||||||||||||||#|||||||||||||||||||||||||||||| Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
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| Elaeis guineensis | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||||||||||||||||||||||||||#|||||||||||||||||||||||||||||| Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Musa x paradisiaca | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||||||||||||||||||||||||||#|||||||||||||||||||||||||||||| Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Eucommia ulmoides | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||||||||||||||||||||||||||#|||||||||||||||||||||||||||||| Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Mimosa pudica | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||||||||||||||||||||||||||#|||||||||||||||||||||||||||||| Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
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| Plantago major | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||||||||||||||||||||||||||#|||||||||||||||||||||||||||||| Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
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| Brassica napus var. napus | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||||||||||||||||||||||||||#|||||||||||||||||||||||||||||| Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Anemia phyllitidis | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|||||||||||||||||||||||#|||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Selaginella apoda | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|||||||||||||||||||||||#|||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 60 |
| Glycine max | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||||||||||||||||||||||||||#|||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDXYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Avena nuda | Query 11 VCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |||||||||||||||||||||||||||||#|||||||||||||||||||||||||||||| Query 11 VCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Linum usitatissimum | Query 11 VCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |||||||||||||||||||||||||||||#|||||||||||||||||||||||||||||| Query 11 VCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Chlamydomonas reinhardtii | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|||||||||||||||||||||||#||||||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Coleochaete scutata | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|||||||||||||||||||||||#||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Scherffelia dubia | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|||||||||||||||||||||||#||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 11 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 |
| Branchiostoma belcheri | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 12 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 71 |
| Branchiostoma floridae | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 11 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 70 |
| Scyliorhinus retifer | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Mesostigma viride | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |+||||+|||||||||||||||||||||||#||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 10 LMCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Branchiostoma lanceolatum | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 13 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 72 |
| Danio rerio | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Xenopus laevis | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Homo sapiens | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Mus musculus | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Oreochromis niloticus | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 5 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 64 |
| Bos taurus | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Xenopus tropicalis | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Cyprinus carpio | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| synthetic construct | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Tetraodon nigroviridis | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Rana catesbeiana | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Canis familiaris | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Molgula oculata | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 11 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 70 |
| Ictalurus punctatus | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Macaca mulatta | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Atractaspis microlepidota microlepidota | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Nannochloris bacillaris | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 +|||||+|||||||||||||||||||||||#||| ||||||||||||||||||||||||+| Sbjct 11 IVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILSL 70 |
| Salmo trutta | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Gadus morhua | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Salmo salar | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Oxyuranus scutellatus scutellatus | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Isatis tinctoria | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||||||||||||||||||||||||||#|||||| | ||||||||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVTVWMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Halocynthia roretzi | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 11 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 70 |
| Sphyraena idiastes | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Oreochromis mossambicus | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Carassius auratus | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Sparus aurata | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Oryzias latipes | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Ambystoma mexicanum | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Litopenaeus vannamei | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|||||||||||||||||||||||# || |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#ARHQGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Haliotis iris | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|| ||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 8 LVCDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 67 |
| Gillichthys mirabilis | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 6 LVCDNGSGLVKAGFAGDBAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 65 |
| Notothenia coriiceps | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| |||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDTYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Haliotis rufescens | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|| ||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 8 LVCDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 67 |
| Morus alba | Query 13 DNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |||||||||||||||||||||||||||#|||||||||||||||||||||||||||||| Query 13 DNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Ostreococcus lucimarinus CCE9901 | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|||||||||||||+|||||||||#||| |||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGMVKAGFAGDDAPKAVFPSIVGR#PRHHGVMVGMGQKDCYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Gallus gallus | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+ ||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Penaeus monodon | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 || |||+|||||||||||||||||||||||#||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 9 LVVDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 68 |
| Bubalus bubalis | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+ ||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Portunus pelagicus | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 || |||+|||||||||||||||||||||||#||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 9 LVVDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 68 |
| Coryphaenoides yaquinae | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILT 68 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+|||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILT 68 |
| Coryphaenoides armatus | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+|||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+| ||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYAGDEAQSKRGILTL 69 |
| Monodelphis domestica | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+ ||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 9 LVCDNGSGLCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 68 |
| Homarus americanus | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 || |||+|||||||||||||||||||||||#||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 10 LVVDNGSGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 |
| Ciona savignyi | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+||+||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 11 LVCDNGSGLVKSGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 70 |
| Pan troglodytes | Query 10 LVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTL 69 ||||||+|+ ||||||||||||||||||||#||| ||||||||||+||||||||||||||| Sbjct 10 LVCDNGSGLCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGR#PRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTL 69 |
* References
[PubMed ID: 18230180] Ralph SG, Chun HJ, Cooper D, Kirkpatrick R, Kolosova N, Gunter L, Tuskan GA, Douglas CJ, Holt RA, Jones SJ, Marra MA, Bohlmann J, Analysis of 4,664 high-quality sequence-finished poplar full-length cDNA clones and their utility for the discovery of genes responding to insect feeding. BMC Genomics. 2008 Jan 29;9:57.