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Position Specific Scoring Matrix (SB)

Position		-10	-9	-8	-7	-6	-5	-4	-3	-2	-1	+1	+2	+3	+4	+5	+6	+7	+8	+9	+10
A	Ala	-.01	.09	.19	-.01	.17	.22	.18	-.00	-.46	-.26	.23	.15	.02	.12	-.06	.07	.03	.02	-.02	-.10
C	Cys	.13	-.27	-.10	-.27	-.27	-.58	N/A	N/A	.20	-.58	-.58	-.28	-.28	-.28	-.27	.03	-.57	-.57	-.56	-.55
D	Asp	-.27	-.12	-.28	-.17	-.22	-.13	-.36	-.29	-.09	-.23	-.66	-.43	-.83	-.13	-.05	-.08	-.01	-.42	-.15	-.26
E	Glu	.20	.06	-.07	-.02	.03	-.22	-.03	.20	-.19	-.03	-.08	.11	-.33	-.08	.08	-.08	-.07	.17	.00	.06
F	Phe	-.03	.05	-.15	.01	.08	.08	-.70	-.22	-.53	.11	-.30	-.05	-.53	-.05	-.30	-.39	.01	-.29	-.68	-.27
G	Gly	-.09	-.16	-.28	-.03	-.06	-.10	-.17	-.21	-.25	.07	-.02	-.07	-.25	.01	.12	-.06	-.01	.09	.16	.04
H	His	.09	-.06	-.28	.02	-.06	-.16	.08	-.16	-.16	.14	-.47	.14	-.07	.08	.09	-.16	-.06	-.05	-.14	-.04
I	Ile	-.05	-.16	-.39	-.32	-.47	-.39	-.48	-.10	-.13	-.87	-.27	.00	-.33	-.17	-.39	-.21	-.39	-.56	-.11	-.45
K	Lys	.07	-.13	.19	.25	.17	.10	.18	.22	-.40	.12	.14	-.07	.28	-.10	.27	.19	.15	.20	.17	.21
L	Leu	-.20	-.23	-.38	-.30	-.38	-.18	-.19	-.22	.36	-.11	-.14	-.16	-.28	-.31	-.27	-.15	-.04	-.17	-.16	-.22
M	Met	-.17	.01	.00	-.08	-.30	-.00	-.09	-.78	-.18	.06	-.31	-.09	-.09	-.78	-.78	-.78	.00	-.17	-.46	.15
N	Asn	-.01	-.16	-.53	-.01	.03	-.41	.09	-.18	.12	-.02	-.07	.06	.21	.10	.22	-.01	-.01	.08	.28	.12
P	Pro	.07	.12	.17	-.13	.22	-.09	.23	.25	-.39	-.49	-.49	.23	.61	.46	.15	.15	-.00	.18	.11	.30
Q	Gln	.12	.18	.08	.05	.12	.11	.20	.04	.17	.27	.11	.23	.11	-.10	.04	.15	.08	-.29	.02	-.20
R	Arg	.08	.21	.40	.25	.07	.26	.18	-.24	-.03	.27	.29	.06	.27	.07	.17	.21	.12	.27	.19	.12
S	Ser	.11	-.06	.13	.13	.20	.19	.17	.01	.15	-.04	.30	.08	-.20	.02	-.03	.02	.21	.03	.08	.07
T	Thr	-.17	.13	-.09	.05	-.02	-.02	.18	.07	.20	.37	.18	.14	-.29	.07	-.02	-.23	-.05	-.04	-.27	.21
V	Val	.08	.08	-.05	.10	-.23	.13	-.33	.26	.18	-.39	-.19	-.28	-.09	-.00	-.08	.03	-.05	-.07	.05	-.12
W	Trp	N/A	.03	.15	-.45	-.15	-.15	.24	.39	N/A	.02	.02	-.46	.32	.24	.02	.03	-.45	.34	-.43	-.13
Y	Tyr	-.09	.03	.17	-.03	.08	-.28	-.58	-.04	-.19	.19	-.11	N/A	-.11	-.28	-.10	.30	-.18	-.02	-.08	-.08

Frequency Counts + Two-Sided Binomial Exact Test P-Values (SB)

Position		-10	-9	-8	-7	-6	-5	-4	-3	-2	-1	+1	+2	+3	+4	+5	+6	+7	+8	+9	+10
Count		246	248	249	249	250	252	255	255	255	255	255	255	255	253	251	250	249	245	240	238
A	Ala	19	24	30	19	29	33	30	20	7	11	34	28	21	26	17	23	21	20	18	15
		1.00	0.29	0.02	1.00	0.03	0.00	0.03	1.00	0.00	0.04	0.00	0.08	0.82	0.16	0.64	0.41	0.72	0.81	1.00	0.47
C	Cys	5	2	3	2	2	1	0	0	6	1	1	2	2	2	2	4	1	1	1	1
		0.43	0.60	1.00	0.60	0.60	0.19	0.04	0.04	0.29	0.20	0.20	0.60	0.60	0.60	0.60	0.79	0.19	0.28	0.28	0.28
D	Asp	7	10	7	9	8	10	6	7	11	8	3	5	2	10	12	11	13	5	9	7
		0.09	0.48	0.09	0.26	0.16	0.40	0.03	0.07	0.58	0.16	0.00	0.01	0.00	0.40	0.89	0.67	1.00	0.02	0.39	0.11
E	Glu	26	19	14	16	18	10	16	27	11	16	14	22	8	14	20	14	14	24	16	18
		0.02	0.52	0.61	1.00	0.70	0.10	0.90	0.02	0.17	0.90	0.53	0.21	0.02	0.61	0.38	0.61	0.61	0.05	1.00	0.52
F	Phe	9	11	7	10	12	12	2	6	3	13	5	9	3	9	5	4	10	5	2	5
		1.00	0.62	0.51	0.87	0.51	0.51	0.01	0.26	0.02	0.33	0.11	0.87	0.02	0.87	0.14	0.05	0.87	0.14	0.01	0.18
G	Gly	14	12	9	16	15	14	12	11	10	21	17	15	10	18	23	15	17	21	24	18
		0.53	0.21	0.04	0.90	0.71	0.46	0.18	0.11	0.06	0.39	1.00	0.62	0.06	0.90	0.17	0.71	1.00	0.31	0.07	0.70
H	His	7	5	3	6	5	4	7	4	4	8	2	8	5	7	7	4	5	5	4	5
		0.52	1.00	0.39	0.83	1.00	0.67	0.53	0.67	0.67	0.40	0.14	0.40	1.00	0.53	0.52	0.67	1.00	1.00	0.67	1.00
I	Ile	13	10	6	7	5	6	5	12	11	2	8	15	7	10	6	9	6	4	11	5
		0.79	0.28	0.01	0.04	0.01	0.02	0.00	0.51	0.35	0.00	0.06	1.00	0.03	0.23	0.01	0.14	0.01	0.00	0.49	0.01
K	Lys	17	11	23	26	22	19	23	25	6	20	21	13	29	12	28	23	21	23	21	23
		0.50	0.42	0.04	0.01	0.06	0.28	0.05	0.02	0.01	0.19	0.14	0.69	0.00	0.51	0.00	0.04	0.11	0.03	0.07	0.02
L	Leu	15	14	10	12	10	16	16	15	57	19	18	17	13	12	13	17	22	16	16	14
		0.07	0.03	0.00	0.01	0.00	0.09	0.07	0.04	0.00	0.29	0.20	0.11	0.01	0.01	0.01	0.13	0.75	0.10	0.13	0.05
M	Met	4	6	6	5	3	6	5	1	4	7	3	5	5	1	1	1	6	4	2	8
		0.67	0.84	0.84	1.00	0.30	1.00	0.84	0.04	0.54	0.68	0.30	0.84	0.84	0.04	0.04	0.04	0.84	0.67	0.14	0.29
N	Asn	10	7	3	10	11	4	13	7	14	10	9	12	17	13	17	10	10	12	19	13
		1.00	0.42	0.02	1.00	0.75	0.04	0.43	0.34	0.27	1.00	0.75	0.63	0.06	0.43	0.05	1.00	1.00	0.52	0.01	0.32
P	Pro	14	16	18	9	20	10	21	22	5	4	4	21	50	35	17	17	12	18	15	23
		0.55	0.23	0.10	0.46	0.03	0.66	0.02	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.18	0.14	1.00	0.07	0.29	0.00
Q	Gln	13	15	12	11	13	13	16	11	15	19	13	17	13	8	11	14	12	5	10	6
		0.32	0.10	0.51	0.63	0.33	0.33	0.07	0.75	0.14	0.01	0.33	0.04	0.33	0.63	0.74	0.19	0.51	0.14	0.87	0.32
R	Arg	16	22	34	24	16	25	21	8	13	26	27	16	26	16	20	22	18	25	20	17
		0.48	0.02	0.00	0.01	0.48	0.00	0.05	0.13	1.00	0.00	0.00	0.49	0.00	0.49	0.09	0.02	0.21	0.00	0.06	0.25
S	Ser	22	15	23	23	27	27	26	18	25	16	35	21	11	18	16	18	28	18	20	19
		0.21	0.71	0.13	0.13	0.02	0.02	0.05	0.90	0.08	0.80	0.00	0.38	0.14	0.80	0.90	0.80	0.01	0.71	0.37	0.52
T	Thr	9	18	11	15	13	13	21	16	22	32	21	19	7	16	13	8	12	12	7	21
		0.26	0.20	0.58	0.67	1.00	1.00	0.05	0.49	0.04	0.00	0.05	0.16	0.07	0.49	1.00	0.16	0.78	0.89	0.11	0.03
V	Val	20	20	15	21	10	23	8	31	26	7	11	9	14	17	14	18	15	14	18	12
		0.37	0.37	0.80	0.26	0.10	0.13	0.02	0.00	0.03	0.01	0.13	0.04	0.53	1.00	0.61	0.71	0.80	0.61	0.61	0.36
W	Trp	0	3	4	1	2	2	5	7	0	3	3	1	6	5	3	3	1	6	1	2
		0.12	0.76	0.37	0.54	1.00	1.00	0.22	0.03	0.13	0.77	0.77	0.38	0.07	0.22	0.76	0.76	0.54	0.06	0.53	1.00
Y	Tyr	6	8	11	7	9	4	2	7	5	12	6	0	6	4	6	15	5	7	6	6
		0.85	0.85	0.19	1.00	0.57	0.26	0.04	1.00	0.46	0.14	0.71	0.00	0.71	0.26	0.71	0.01	0.46	1.00	0.85	0.85

The procedure for computing each score

The above score of an amino acid at each position was computed by first dividing the occururence ratio of an amino acid to all amino acids by the composition ratio of this amino acid to all amino acids and then taking the logarithm of this.

We used the following amino acid composition ratio from UniProtKB/Swiss-Prot protein knowledgebase release 53.3 statistics:

   Ala (A) 7.86   Gln (Q) 3.97   Leu (L) 9.66   Ser (S) 6.87
   Arg (R) 5.43   Glu (E) 6.66   Lys (K) 5.93   Thr (T) 5.40
   Asn (N) 4.12   Gly (G) 6.94   Met (M) 2.39   Trp (W) 1.13
   Asp (D) 5.33   His (H) 2.29   Phe (F) 3.95   Tyr (Y) 3.01
   Cys (C) 1.50   Ile (I) 5.88   Pro (P) 4.84   Val (V) 6.72